紫外線消毒器的殺菌原理是當水流經飲用水紫外線消毒時，紫外線光照射于細菌、病毒，其細胞及結構就會被破壞導致死亡，從而達到殺菌的目的。由于飲用水紫外線消毒設備采用的是紫外線殺菌，不添加任何化學品，所以對水無二次污染。
1、降低余氯
泳池水中的氯含量降低，減少了消毒副產品，令泳池環境更健康。
2、降低氯的投放量
當氯與游泳人士身上的有機復合物反應，就產生消毒副產品，如氯胺。這些副產品是導致人們雙眼和呼吸不適的根源。氯胺具有腐蝕性，會侵蝕泳池壁和水管。 通過將全循環水流暴露在紫外照射下，紫外線燈能將氯的使用量降到要求的范圍以內。
3、減少三鹵甲烷
在利用氯消毒的池水里，其中一種消毒副產品是三鹵甲烷(THMs)。zui常見的是三氯甲烷，它是一種懷疑致癌物質。游泳池水紫外線消毒器的應用，配合降低了氯劑量，減少池水中的三氯甲烷含量。
4、殺滅泳池和淋浴池里的軍團菌
軍團菌是泳池中和溫水循環淋浴池中出現的、極為危險的致病微生物。它能對抗余氯，但會被紫外光殺滅。溫度不會影響紫外光作用，因此對溫水浴池極為適合。
5、殺滅微生物
游泳池水紫外線消毒器的應用另一好處，是能夠*滅活抗氯性微生物組織，例如嗜肺軍團菌、大腸桿菌、假單胞菌、隱孢子蟲、阿米巴蟲和細菌。紫外線通過破壞這些微生物的DNA和DNA修復酶來達到滅活效果。
